为深入了解苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)与寄主植物的互作特性,构建了表达该病毒外壳蛋白(coat protein,CP)的诱饵载体pGBKT7-CP,采用酵母双杂交技术,从‘红香酥’梨cDNA文库中筛选出与ACLSV CP潜在互作的33种寄主因子。酵母双杂交和双分子荧光互补试验验证了CP与来自梨的两种RING型E3泛素连接酶(命名为MIEL和BOI)互作。亚细胞定位分析表明,CP与BOI具有相似的胞间连丝和细胞核分布特点,MIEL主要分布在内质网和细胞核。双分子荧光互补试验结果显示,CP与BOI互作不改变二者的亚细胞分布,而CP与MIEL互作信号分布与MIEL亚细胞定位相似。构建了这3种蛋白的截短突变体,发现含zf-CHY结构域(1 ~ 99 aa)的MIEL截短突变体可以与CP互作,而仅全长BOI可以与CP互作,CP截短突变体不能与这两种寄主蛋白互作。
以‘壶瓶枣’(Ziziphus jujuba‘Hupingzao’)白熟期、半红期、全红期果实为试材,测定果皮主要色素物质含量并进行转录组测序,从分子水平阐述果皮着色基因的变化。结果表明,白熟期后,果皮花色苷含量开始显著降低;3个时期果皮类黄酮含量均依次显著降低;叶绿素含量在白熟期到半红期变化不大,全红期显著下降;类胡萝卜素含量在转色阶段相对稳定。类黄酮、花色苷、类胡萝卜素和叶绿素是‘壶瓶枣’果皮的着色物质,且花色苷分为飞燕草素、矢车菊素、矮牵牛素、锦葵色素、芍药色素和天竺葵色素等6种。根据转录组测序中GO和KEGG富集分析发现,在类黄酮、花色苷、黄酮与黄酮醇、类胡萝卜素和卟啉代谢通路中差异基因个数分别为35、22、6、30和38。其中,白花青素还原酶基因(LOC107429483)、转录因子基因MYC2(LOC107430586)和二氢黄酮醇4-还原酶基因(LOC107420289)在果皮着色中发挥主要作用,β-胡萝卜素羟化酶基因(LOC107414761)是影响类胡萝卜素合成的关键基因;卟啉代谢中叶绿体A加氧酶基因(LOC107410684)是影响总叶绿素含量的关键基因。
猕猴桃细菌性溃疡病是猕猴桃产业中的毁灭性病害。不同遗传背景的猕猴桃材料抗性差异极大。为研究猕猴桃响应溃疡病菌(Pseudomonas syringae pv. actinidiae,Psa)的早期反应,挖掘抗病相关基因,对接种溃疡病菌6和24 h后的中华猕猴桃‘金农’× 中华猕猴桃雄株杂交后代中的抗病个体‘21-2-4’及感病个体‘19-3-11’进行转录组测序比较分析。结果表明抗病个体对Psa防御主要集中在24 h,而感病个体主要集中在6 h。KEGG通路分析表明差异表达基因主要富集于植物—病原菌相互作用、苯丙烷生物合成、淀粉和蔗糖代谢途径等初生、次生产物的代谢。对比抗、感病个体中的基因表达模式,对植物—病原菌相互作用、植物激素信号转导及苯丙烷生物合成等抗病相关途径中可能的候选基因进行初步筛选。以中华猕猴桃抗性品种‘金农’和感病品种‘红昇’为材料,通过qRT-PCR验证了初步筛选出来的基因,确定PR1(Acc06864/Acc06865/Acc06866)、FLS2(Acc06484)可作为抗病候选基因深入研究。
腐殖酸生物降解地膜是一种新型生物降解地膜,因其覆盖栽培番茄能显著改良土壤环境,提高果实品质而受到广泛关注。为探明其对番茄果实品质和营养成分的影响及其调控机制,以设施番茄‘甜脆脆’为试验材料,对PBAT/PLA普通生物降解膜(PT)和添加腐殖酸的生物降解膜(FZS)处理下的番茄成熟果实进行风味感官评价,并测定可溶性糖、番茄红素等营养物质含量,利用PCA、正交偏最小二乘法、KEGG等分析方法对成熟果实转录组和GC/LC-MS非靶向代谢组进行联合分析。结果表明:与PT处理成熟果实相比,FZS处理果实薄壁细胞数显著减少28.10%,表皮层和角质层厚度分别减少24.28%和43.99%,促进了果实的成熟,并提高了可溶性糖和糖酸比,降低了酸度和硬度,促进了果实的成熟,改善了品质。转录组分析共鉴定出500个差异表达基因,主要富集于碳水化合物代谢、糖酵解和细胞壁结构等途径。代谢组分析共鉴定出143个差异含量代谢物,主要富集于丁酸代谢、赖氨酸降解和ABC转运蛋白等途径。转录—代谢组联合分析发现FZS对番茄果实风味品质的影响受到碳水化合物/能量代谢以及氨基酸和激素转运等途径的正向调控,其中葡萄糖-6-磷酸、果糖-6-磷酸和半乳糖参与的碳水化合物代谢通路是主要的调控途径。
分析了辣椒自交系1189不同发育时期果实转录组和类胡萝卜素靶向代谢组,基于加权基因共表达网络分析(weight gene co-expression network analysis,WGCNA)鉴定了可能参与调控辣椒类胡萝卜素生物合成相关基因的转录因子。靶向代谢组共鉴定出60种类胡萝卜素代谢物,分析发现,幼果期和绿熟期果实类胡萝卜素主要组分均为叶黄素(73.4%和64.5%),转色期叶黄素含量急剧下降,红熟期主要为辣椒红素(32.5%),无法检测到叶黄素。转录组分析共鉴定出14 148个差异表达基因和15个类胡萝卜素代谢相关差异表达基因。通过WGCNA将筛选所得的12 286个差异表达基因划分至16个模块,发现MEdarkseagreen4、MElightcyan1和MEbrown2模块与11种主要类胡萝卜素组分显著相关。基于3个模块中类胡萝卜素相关差异表达基因构建代谢调控网络,并通过分析启动子结合基序,筛选出bHLH48、SEP3、CMB1、AGL27、YABBY2、GT-3B、NF-YA3、NAC2、HOX5和GATA26等10个转录因子可能在类胡萝卜素积累中发挥重要调控作用。
以长日照型洋葱品系SB2为材料,克隆获得DELLA家族基因AcGAI。序列分析显示AcGAI编码区全长1 575 bp,推测编码524个氨基酸,序列比对表明AcGAI具有典型的DELLA结构域和GRAS结构域。qRT-PCR结果显示AcGAI在洋葱生殖生长期叶片、叶鞘、鳞茎、花茎和花中均有表达,且在花中表达量较高。过表达AcGAI拟南芥转基因株系呈现开花时间延迟;AcGAI在拟南芥gai及della突变体中异源过表达,不同程度地抑制了其早花表型。利用qRT-PCR检测AcGAI过表达植株中光周期核心基因CO和开花调控关键基因FT的表达,发现CO、FT表达量均显著下降。酵母双杂交和双分子荧光互补试验表明AcGAI和AcCO存在互作,说明AcGAI通过调控CO的表达进而延迟植物开花。
为解析姜(Zingiber officinale Roscoe)谷胱甘肽硫转移酶(glutathione-S-transferase,GST)基因家族的信息,基于姜基因组数据,分析鉴定了ZoGST家族成员及其表达模式,并进一步利用qRT-PCR检测了10个ZoGST在不同胁迫下的表达特性。在姜基因组中共鉴定到58个GST家族成员,其编码蛋白的氨基酸长度在110 ~ 675 aa之间,分子量12.21 ~ 72.51 kD,等电点4.55 ~ 9.51。系统进化树显示,ZoGST可分为Ⅰ~Ⅹ亚家族,第Ⅶ和Ⅹ亚家族成员居多数;ZoGST家族成员分布在11条染色体上,共线性分析表明该家族成员存在6对片段重复;顺式作用调控元件分析发现上游启动子区含有与光响应、逆境胁迫、激素调节相关的作用元件;转录组测序数据分析显示,ZoGST有一定的组织表达特异性且响应病害、低温等逆境胁迫,其中,ZoGSTDHAR5、ZoGSTF9、ZoGSTF13等在姜不同生长时期、不同部位、低温和病害胁迫下均有较高表达。qRT-PCR分析表明,盐胁迫下ZoGSTDHAR2(除根茎外)、ZoGSTEF1G2、ZoGSTF9在姜不同组织表达量均显著下调;淹水胁迫下,ZoGSTDHAR2等在叶和根茎中表达量显著上调;干旱胁迫下,ZoGSTF9等在根中表达量显著上调。
对河南省南召县917份望春玉兰(Magnolia biondii)种质材料利用细胞流式仪进行基因组倍性分析,并采用SSR标记分析其遗传多样性和遗传结构。此外,采用模拟退火法分别基于遗传多样性最大化(simulated annealing algorithm based on the maximizing genetic diversity,SAGD)和等位基因最大化(simulated annealing algorithm based on maximizing allelic richness,SANA)构建望春玉兰核心种质。结果显示:所检测的望春玉兰种质材料全部为二倍体植株;10对SSR引物共检测到57个等位基因(Na),平均有效等位基因数(Ne)为2.667,Shannon’s信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态性指数(PIC)分别为1.124、0.422、0.586和0.547,表明望春玉兰种质资源具有丰富的遗传多样性。群体遗传结构和聚类分析均显示,917份望春玉兰种质材料可以分为4个亚群,不同亚群之间存在明显的基因交流和渗透。基于SAGD方法构建核心种质的各遗传参数基本都高于SANA法。利用SAGD方法筛选得到183份望春玉兰核心种质,占原有种质的20%,Na、Ne、I、Ho和He的保留率分别为94.74%、105.40%、103.38%、104.27%和104.61%;主坐标分析(principal coordinate analysis,PCoA)表明构建的望春玉兰核心种质在整个原始种质的主坐标图内均匀分布,具有良好的代表性,可以为种质资源收集保存及创新利用提供科学依据。
作为花青苷合成通路中的关键酶,类黄酮3′-羟化酶(flavonoid-3′-hydroxylase,F3′H)对植物花的呈色非常重要。为探究SoF3′H在紫丁香(Syringa oblata)花青苷合成中的作用,克隆SoF3'H基因,并进行蛋白同源序列比对和进化树分析,通过qRT-PCR分析该基因在不同花发育时期与器官中的表达模式,在紫丁香花瓣中瞬时沉默和过表达SoF3'H进行功能验证,并对其启动子进行克隆与分析,利用酵母单杂交试验验证SoAN2与SoF3′H的结合关系,对SoAN2的表达模式进行初步探索。结果显示,SoF3′H的CDS序列长1 587 bp,推测编码528个氨基酸;SoF3′H具有保守的p450 superfamily结构域,属于细胞色素P450家族,与油橄榄(Olea europaea)相似性最高(82.46%)。随着花发育,紫丁香花瓣褪色,SoF3′H的表达水平逐渐降低;SoF3′H在盛花期花冠裂片中表达最高,在同时期根、雄蕊和茎中相对较低。沉默SoF3′H后花瓣显著褪色,花青苷含量显著降低;过表达SoF3′H的花瓣着色明显,花青苷含量显著升高。克隆得到2 000 bp的SoF3′H启动子序列具有MYB识别位点,并发现MYB家族成员SoAN2可以与该启动子直接结合,且SoAN2在紫丁香花不同发育阶段的表达呈降低趋势,与SoF3′H在不同开花时期的表达趋势基本一致,表明SoAN2可能促进SoF3′H的表达,从而调控花青苷含量变化,影响花瓣着色。
从云南丽江采集了40个大花蕙兰(Cymbidium hybridum)感病样品,利用高通量转录组测序对其中的病毒种类进行分析,Blastn N比对发现样品中存在建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,CymMV)、齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)和建兰褪绿花叶病毒(cymbidium chlorotic mosaic virus,CyCMV)。利用RT-PCR对样品中病毒分离物的CP序列进行扩增,10份样品为ORSV和CyCMV复合侵染。为进一步明确ORSV和CyCMV云南分离物(ORSV-DH和CyCMV-DH)的序列特征,分别对其全基因组序列进行了扩增及克隆,结果表明:ORSV-DH基因组全长序列为6 611 nt(Accession No. OP644547),CyCMV-DH基因组全长序列为4 083 nt(Accession NO. OP629812),将ORSV-DH和CyCMV-DH分别与已报道的分离物的全基因组序列进行核苷酸序列分析,发现ORSV-DH与其他分离物的核苷酸相似性为97.69% ~ 99.41%,CyCMV-DH为89.84% ~ 98.19%。根据病毒全基因组核苷酸序列分别构建了ORSV-DH和CyCMV-DH与本属其他分离物的系统进化树,明确了其分别与日本分离物ORSV-Cy-1(S83257)、CyCMV-Japan(NC_027123)亲缘关系最近。
根皮苷类酚酸类物质是造成苹果连作障碍的重要因素之一。以废弃苹果枝条为原料,研究不同温度烧制的生物炭对根皮苷胁迫下平邑甜茶(苹果砧木)连作土盆栽幼苗土壤中真菌群落结构及其多样性的影响。试验设置8个处理,分别为:连作土(对照)、连作土壤中分别添加50 mg · kg-1根皮苷、300 ℃生物炭、400 ℃生物炭、500 ℃生物炭、300 ℃生物炭 + 根皮苷、400 ℃生物炭 + 根皮苷、500 ℃生物炭 + 根皮苷,盆栽处理120 d后,运用高通量测序技术对土壤真菌群落结构进行分析。结果表明:添加生物炭可以促进根皮苷胁迫下平邑甜茶幼苗的生长,改变连作土壤的真菌群落结构,使土壤真菌操作分类单元(operational taxonomic unit,OUT)特有数增加;通过PCoA分析以及UPGMA聚类分析得出,添加生物炭后土壤真菌的丰富度和多样性显著提高;生物炭对不同分类水平上的土壤真菌结构和功能产生了一定影响,土壤优势菌丰度变化较大。生物炭可通过改善土壤真菌群落结构缓解苹果连作障碍。
新疆地区土壤盐碱化严重,有机质含量少,不合适的砧木嫁接经常导致苹果树体黄化,长势衰弱。以八棱海棠(Malus micromalus Makino)、平邑甜茶(M. hupehensis Rehd.)和新疆野苹果[M. sievesii(Ledeb.)Roemer]3种砧木嫁接‘烟富3’苹果,采用15N同位素示踪技术,研究在施加穴贮砖条件下各嫁接组合生物量、根系形态(根长、根表面积、根体积)、15N吸收利用及土壤残留的差异。总体上,不同砧木的生物量为八棱海棠 > 平邑甜茶 > 新疆野苹果,根冠比则为新疆野苹果 > 平邑甜茶 > 八棱海棠,3个土层深度的根系形态均为八棱海棠 > 平邑甜茶 > 新疆野苹果;八棱海棠在叶中的Ndff值、15N分配率最大,并且植株总氮量、15N的吸收量和15N利用效率最大,而新疆野苹果在根部的Ndff值和15N分配率最大;从土壤15N的累积量来看,3种砧木在0 ~ 45 cm土层15N的累积量表现为新疆野苹果 > 平邑甜茶 > 八棱海棠。综上,3种砧木中,八棱海棠嫁接植株生长量最大,植株总氮量和植株15N利用效率最大,对新疆地区的盐碱土壤有较好的适应性。
以紫花含笑(Michelia crassipes)绿蕾期、紫蕾期、初开期花芽为试验材料进行生理生化指标测定,并利用UPLC-ESI-MS/MS测定内源激素动态变化。结果表明:可溶性糖、可溶性蛋白、叶绿素含量以及POD活性均随着花芽发育而下降;游离脯氨酸、丙二醛、花青素含量和SOD活性均在紫蕾期最高。整个发育过程中测得8类共49种激素物质,其中绿蕾期花芽内源激素以生长素、水杨酸和脱落酸为主,紫蕾期以生长素为主,初开期则以生长素和茉莉酸为主;赤霉素和乙烯类含量随着花发育呈上升趋势,细胞分裂素和独脚金内酯含量则呈下降趋势;富集分析表明不同发育期差异激素主要富集在次生代谢物合成途径。紫花含笑花发育过程涉及花器官发育和花青素积累,可溶性糖、可溶性蛋白、生长素、脱落酸和茉莉酸可能是推动花发育进程的重要因素。
以山茶(Camellia japonica)叶片为外植体进行愈伤组织诱导和再分化。结果表明:叶片在MS + 5.0 mg · L-1 6-BA + 0.1 mg · L-1 2,4-D + 5.0 mg · L-1 PVP + 3%蔗糖培养基上愈伤组织诱导率最高(79.19%);将愈伤组织转至原配方培养基光照培养(12 h · d-1),可分化出不定芽,分化率为51.32%。不定芽在不定根诱导培养基(1/8MS + 0.5 mg · L-1 IBA + 1.0 mg · L-1 PVP + 2%蔗糖)上生根率最高(50%);生根试管苗移栽至田间,成活率达66.67%。利用液相色谱串联质谱法(LC-MS/MS)检测激素发现,具不定芽分化能力的愈伤组织中,激素信号转导途径、玉米素生物合成代谢途径、α-亚麻酸代谢途径激素含量发生显著变化。在所有检测的内源激素中,有30种(90.9%)含量下调,仅有3种激素含量上调。结果显示,在培养条件一致的前提下,内源激素含量是决定山茶不定芽分化的主要因素。
研究了江苏丘陵地区葡萄胶孢炭疽病菌复合种(Colletotrichum gloeosporioides species complexes,CGSC)对嘧菌酯的敏感性及抗性分子机理。利用孢子萌发法和区分剂量法确定3个种(C. aenigma、C. viniferum和C. fructicola)51个单孢分离株对嘧菌酯的抑制中浓度(EC50)和敏感性表型,采用田间人工接种防治方法评价其抗药性,通过嘧菌酯作用标靶基因(CYTB)序列分析确定抗性的分子机制。27个C. aenigma和16个C. viniferum中对嘧菌酯敏感的菌株分别有20和14个,EC50分别为0.0388(0.0150 ~ 0.0770)和0.0614(0.0213 ~ 0.0906)mg · L-1,而抗性菌株的EC50均大于100 mg · L-1;C. fructicola菌株均为抗性菌株,其EC50大于100 mg · L-1。田间接种防治试验证明嘧菌酯2倍推荐剂量(250 mg · L-1)对抗性菌株C. fructicola MS206失去防效(防治效果7.11%)。所有抗性菌株的CYTB基因上都只含有G143A点突变;CYTB基因G143位氨基酸两侧内元呈现多样性。江苏丘陵地区葡萄炭疽病种群中的不同种对嘧菌酯的敏感性不同,抗药种群的流行是造成田间防效下降的主因子,所有抗性菌株的抗性分子机制均为CYTB基因G143A点突变,未发现其他点突变类型。
采用16S rRNA高通量测序技术以及植物—土壤反馈方法,探究了分蘖洋葱伴生番茄诱导的根际微生物对其根结线虫病发生、土壤微生物群落结构以及诱导抗性的影响。结果表明,分蘖洋葱伴生的番茄根际微生物显著降低了番茄根结线虫的病情指数、根结数和根结指数,显著提高了对根结线虫卵孵化的抑制率和二龄幼虫的致死率。在根结线虫胁迫下,伴生增加了番茄根际潜在有益菌群芽孢杆菌属和假单胞菌属的相对丰度。同时,伴生改变的番茄根际微生物通过提高抗性相关基因表达、防御酶活性和茉莉酸类物质含量增强了番茄的系统抗性。因此,分蘖洋葱伴生改变的番茄根际微生物组除对根结线虫具有直接抑杀作用外,还通过对番茄产生诱导抗性提高其对根结线虫的抗病能力。
CRISPR/Cas基因组编辑技术已成为作物遗传改良的重要工具。常见的农杆菌介导或基因枪投送DNA基因组编辑方式会导致外源载体片段整合到植物基因组中,引发消费者对其潜在生物安全的担忧。目前已有部分植物建立了无外源DNA基因组编辑体系,但存在投送效率低、编辑效率低和再生困难等问题。本文中主要对植物CRISPR/Cas无外源DNA基因组编辑体系建立和应用研究中编辑元件载体、介导投送方式及常用的编辑策略等3个方面的进展进行了归纳,总结了存在的主要问题并对未来努力方向进行了展望。
可变剪接(AS)是植物生长发育过程中最有效的基因转录调控方式之一。在植物中,大量基因经历了可变剪接;调控开花时间基因的可变剪接受到光和温度信号的影响。本文中重点综述了可变剪接的类型、可变剪接的分子机制及在光与温度季节性变化下基因可变剪接调控开花时间的特性和功能,旨在提高对基因可变剪接参与调控植物开花时间机制的认识,为研究植物生长发育调控机制提供新思路。
植物根际促生菌能通过固氮、溶磷、解钾、产生铁载体、分泌次生代谢物和激素、诱导植物抗逆基因表达等方式改变植物的形态或生理特性,增加植物对营养元素的利用率,进而提高其产量、品质及抗逆性。本文综述了根际促生菌在提升园艺作物对干旱、极端气温、重金属、盐胁迫抗性的研究进展,并对其应用前景和方向进行展望。
‘金光’是‘巨峰’自交实生选育的中晚熟鲜食葡萄新品种。果穗大,单穗质量738.8 g;单粒质量12.0 g,果粒椭圆形,果皮黄绿色,果肉较脆,果汁多,具有草莓香味;风味甜,可溶性固形物18.0%以上,可滴定酸0.58%。树挂期长,丰产、稳产,产量22.7 t · hm-2,在河北省昌黎地区9月下旬成熟,适宜京津冀等地区设施及露地栽培。
‘雅翠1号’是以自交系P128为母本、H3为父本配制的优质粉皮冬瓜杂种一代。果实短圆筒形,无棱沟或浅棱沟,果皮绿色,被厚粉。单瓜质量约2.5 kg,瓜长27.0 cm,横径12.3 cm,肉厚约3.9 cm。果肉深绿色,肉质致密(0.952 g · cm-3),可溶性固形物含量约4.2%。田间表现中抗枯萎病、病毒病。春季从播种至收获约103 d,产量60.8 t · hm-2。适宜在华南地区春秋季种植。
玉兰新品种‘秦荷’是由‘红元宝’紫玉兰(Magnolia liliiflora‘Hong Yuanbao’)和青皮玉兰(Magnolia virdula)通过人工杂交获得。花被片9 ~ 11个,形状倒卵形,外表面深紫粉(RHS colour chart 66D),内表面极淡紫(RHS colour chart 73D);花蕾顶生和腋生。