为了探究热激蛋白(HSP90)基因家族成员在苹果(Malus × domesticaBorkh.)耐热中的作用,利用生物信息学方法对苹果HSP90基因家族成员进行鉴定,并分析其在高温胁迫下和不同组织中的表达规律。结果表明,苹果HSP90基因家族有11个成员,分布于10条染色体上,其氨基酸序列大小介于104 ~ 818 aa,蛋白质分子质量介于11.81 ~ 93.58 kD。转录组分析显示,11个MdHSP90家族成员中,有4个基因,MdHSP90-1、MdHSP90-3、MdHSP90-5和MdHSP90-11在高温胁迫下显著上调;亚细胞定位显示这4个基因中前三者定位在细胞膜与细胞核上,而后者定位在细胞核上;进一步通过qRT-PCR分析发现这4个基因在两种苹果砧木平邑甜茶(Malus hupehensis)和变叶海棠(Malus toringoides)中的表达趋势基本一致,其表达量在高温胁迫早期大幅升高,在中后期有所下降;不同苹果组织中均能检测到这4个基因的表达,高温处理可不同程度地激活这些基因的表达,表明它们可能在苹果耐热胁迫中具有重要作用。
为研究湖北海棠[Malus hupehensis(Pamp)Rehd.]响应白粉病菌胁迫过程中相关基因的表达及分子机制,取同一时期爆发白粉病的‘青砧1号’、‘青砧1号’/湖北海棠嫁接苗的接穗部分和湖北海棠等3份材料的叶片,使用BGISEQ-500测序技术对其进行转录组测序分析。结果表明:青砧1号、青砧1号/湖北海棠和湖北海棠对白粉病的抗性依次增加;GO富集显示代谢过程和催化活性相关的GO term在青砧1号、青砧1号/湖北海棠和湖北海棠中被显著富集;KEGG分析显示亚油酸代谢、植物病原体相互作用、磷酸肌醇代谢、油菜素类固醇生物合成和磷脂酰肌醇信号系统等5条代谢途径在‘青砧1号’/湖北海棠和湖北海棠中均显著富集,碳代谢途径只在抗性强的湖北海棠中显著富集。与白粉病抗性相关基因家族表达分析显示,WRKY70、WRKY33、NPR3和WRKY40等转录因子基因在青砧1号/湖北海棠和湖北海棠中较青砧1号显著上调表达。实时荧光定量PCR结果证实了转录组测序结果的准确性。
为了在梨愈伤组织中建立CRISPR/Cas9基因编辑体系,将proDAM3:GUS转入‘茄梨’愈伤组织,通过构建双靶点的CRISPR/Cas9基因编辑载体,利用农杆菌介导的遗传转化法侵染proDAM3:GUS转基因梨愈伤组织,通过测序及GUS染色的方法检验敲除效果,分析靶基因突变类型。结果表明,共有4个转基因株系在靶位点处发生了基因突变,编辑效率为66.7%。对所有基因编辑株系的有效克隆进行分析,结果显示sgRNA1在靶位点GUST1的突变频率达到71.4%,高于sgRNA2在靶位点GUST2突变频率的46.4%,说明sgRNA1可以更有效地与靶位点结合。测序结果表明,4个基因编辑株系中GUS基因均被敲除,基因突变的类型包含碱基缺失、插入及两个靶点之间大片段的缺失,不存在碱基替换。GUS染色结果显示,基因敲除后的GUS转基因愈伤完全呈白色,说明利用CRISPR/Cas9多靶点基因编辑系统可以在梨愈伤组织中实现高效的基因敲除。
以10年生‘玫瑰香’葡萄为试材,对其进行不同程度的水分胁迫处理。利用气相色谱—质谱联用技术(GC-MS)测定果实香气组分,采用荧光定量PCR法检测香叶基二磷酸合成酶基因(VvGPPS)、芳樟醇/橙花醇合成酶基因(VvRiLinNer)、萜类合成酶基因(VvTPS)和类胡萝卜素裂解双加氧酶基因(VvCCD1)在果实中的表达水平。结果表明,重度胁迫可显著降低‘玫瑰香’果实百粒质量和可溶性固形物含量,轻度胁迫与对照差异不显著;水分胁迫对采收期果实可滴定酸含量和总酚含量影响较小。本研究中对照、轻度胁迫和重度胁迫分别检测出41、43和33种挥发性化合物,其中醛类化合物是最主要的挥发性物质,萜烯类次之,酚类和酯类物质含量较低。轻度胁迫可显著提高‘玫瑰香’葡萄果实挥发性化合物总量,分别较对照和重度胁迫高34.74%和36.92%,其中酯类、醛类和酚类物质含量均为最高,而醇类物质含量最低。重度胁迫酸类和醇类物质含量显著高于其他两个处理。具有玫瑰花香味的萜烯类物质的含量随着水分胁迫程度的加剧而增加。水分胁迫上调了果实中VvTPS的表达量,但不利于VvRiLinNer和VvCCD1基因的表达。轻度胁迫果实中VvGPPS表达量显著高于对照,但重度胁迫降低了该基因在果实中的表达量。综上,适度水分胁迫可显著提高‘玫瑰香’葡萄挥发性化合物的含量,有利于葡萄果实品质的提升。
为深入了解栗属植物种内、种间杂交F1代群体遗传多样性和变异规律,以及不同亲本遗传效应和配置方式对杂交F1代的影响,以锥栗种内、锥栗和板栗种间9个杂交组合235份F1代单株及其亲本为材料,利用32对高多态性栗属SSR标记对其基因组DNA进行PCR扩增和毛细管电泳,统计数据并进行遗传参数、分子方差、UPGMA聚类和PCA分析。结果表明:32对SSR引物在235个子代中共扩增出278个多态性位点,平均观测等位基因数8.69个,Shannon’s多样性指数(I)、基因遗传多样性(Hs)和基因流(Nm)平均值分别为1.3707、0.6574和1.5951,遗传分化系数(Fst)显示杂交F1代85.18%的变异存在于组合内;不同组合Shannon’s 多样性指数范围为0.8816 ~ 1.1317,显示其子代均存在丰富的遗传多样性,且子代遗传多样性水平受不同父、母本遗传效应以及亲本配置影响;分子方差分析表明栗杂交F1代群体遗传变异主要来源于组合内(78.06%),与遗传分化系数结果较为一致;不同杂交组合遗传距离和UPGMA聚类显示,具有相同亲本的正反交组合C3和C5遗传距离最近,最先聚到一起,其次是具有相同母本或相同父本的组合,分别聚到一起;杂交子代PCA散点图进一步验证了杂交组合聚类分析结果,同一组合内或遗传距离较近的组合多数子代能聚到一起,同时,不同组合子代又存在交叉重叠现象,说明存在较为广泛的基因交流,且子代分离现象明显。
为研究龙眼miRNA编码短肽(miRNA encode regulatory peptide,miPEP)的潜在活性,以miR319为对象,从7个龙眼品种中克隆得到pri-miR319a 序列并预测其潜在编码miPEP,并通过遗传转化和人工合成miPEP的方法验证miPEP319a的活性。结果显示,7个龙眼品种中pri-miR319a序列存在10个核苷酸的差异,并具有3个潜在ORF可以编码miPEP,其中1个核苷酸突变位点导致miPEP319a氨基酸序列的改变。进一步通过原位转化法获得转化miPEP的过表达载体及相应突变表达载体的龙眼幼芽,并结合人工合成miPEP319处理龙眼胚性愈伤组织,进一步验证龙眼miPEP的生物学活性。结果显示,pri-miR319a编码的3个潜在miPEP仅miPEP319a-2具有生物学活性并促进下游miR319a的表达。最后采用烟草叶片的瞬时转化法验证龙眼miPEP319a在烟草当中的活性及对miR319a的影响。结果表明龙眼miPEP319a具有物种特异性,在烟草叶片中miR319a的表达模式无差异。该研究结果提示龙眼pri-miR319序列在不同品种中具有多态性,且其编码的3个潜在miPEP仅miPEP319a-2具有生物学活性,并具有物种特异性,同时也暗示龙眼miPEP319a-2可以参与到龙眼的生长发育过程中。
为了解龙眼中双链RNA结合蛋白家族(DRB)的潜在功能,采用生物信息学方法鉴定龙眼DRB基因家族成员,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位和外源脱落酸、水杨酸、茉莉酸甲酯处理下的表达模式。结果显示:龙眼DRB家族的8个成员分布在5个亚组中,并且都具有2 ~ 3个双链RNA结合结构域,内含子数1 ~ 7;龙眼DRB家族含有6种motif;启动子中含有大量光响应元件、激素响应元件和逆境胁迫响应元件;龙眼DRB家族成员在体胚发生的各个阶段、各器官中均有表达,但表达量差异较大;外源脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯处理显著抑制龙眼DRB家族成员的表达。本研究结果表明,龙眼DRB家族成员高度保守,该家族成员可能参与龙眼体胚及各器官各阶段的生长发育过程,且参与脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯响应过程。
利用SSR标记对23份春甘蓝自交系和29份秋甘蓝自交系进行遗传多样性分析,结果表明:春甘蓝自交系在遗传相似系数0.61处可以划分为极早熟和早熟2个类群。秋甘蓝自交系在遗传相似系数0.58处可以分为中晚熟群、中早熟群和中熟群3个类群。从上述材料中挑选15份代表性材料作为亲本,采用完全双列杂交法组配105个杂交组合,对其进行杂种优势分析,同时探究SSR分子标记遗传距离与杂种优势之间的关系。结果发现,不同类群间杂交或同一类群不同亚群间杂交产生的后代杂种优势较强,遗传距离与全株质量中亲优势的相关性达显著正相关,表明基于SSR分子标记划分的类群对于杂种优势的预测具有一定的价值。此外还发现,在105个杂交组合中,全株质量中亲优势最强的10个组合的组配方式均为春甘蓝 × 秋甘蓝,表明春甘蓝 × 秋甘蓝可能是一种潜在的杂种优势利用模式。
植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(Phosphatidyl ethanolamine-binding protein,PEBP)分为MFT、FT和TFL1共3个亚家族,其中FT和TFL1亚家族蛋白构成了植物的成花激素—抗成花激素系统,调控开花时间和株形结构。基于辣椒(Capsicum annuum)全基因组数据,对辣椒PEBP基因家族进行鉴定,并对基因和蛋白结构、比较进化、共线性和组织表达特征等进行了分析。结果表明,辣椒基因组包含9个PEBP成员,并且9个基因均含有4个外显子和3个内含子,定位在6条染色体上,其编码蛋白质定位在细胞质和细胞核中。与番茄PEBP同源基因的比较进化分析表明,辣椒的PEBP基因受纯化选择,其中CaFT2和CaFT4在进化中较稳定,辣椒和番茄之间存在8对共线性基因。qRT-PCR分析表明CaPEBP基因在所检测的组织中明显差异表达,如CaMFT/CaTFL1-1在果实中高表达,CaFT1在叶片中相对表达量最高,CaFT3在顶端分生组织和花中表达量最高,CaTFL1-4在根中特异表达。
为探究烟管菌(Bjerkandera adusta‘M1’)对番茄灰霉病的生物防治作用,通过平板对峙、带药平板培养以及温室盆栽试验研究了烟管菌‘M1’及其发酵液对灰葡萄孢(Botrytis cinerea Pers.)生长的抑制作用,对番茄灰霉病的防治效果和对植株的促生作用。对峙试验结果表明,菌株‘M1’可显著抑制灰葡萄孢菌丝的生长,光学显微镜与扫描电镜发现‘M1’菌丝可以穿插、缠绕灰葡萄孢菌丝,使灰葡萄孢菌丝出现膨大、扭曲、萎缩等现象,有明显的重寄生作用。拮抗试验表明,菌株‘M1’发酵液(Bj. adustafermentation broth)对灰葡萄孢的抑制率为47.90%,与化学农药腐霉利(Procymidone)效果相当。盆栽试验表明,与只接种灰葡萄孢孢子悬浮液处理相比,施用‘M1’发酵液使番茄灰霉病的病情指数显著降低,防治效果为55.2%;番茄叶片中过氧化物酶、超氧化物歧化酶和过氧化氢酶活性分别增加了29.57%、136.15%和534.13%;叶片丙二醛含量和电解质相对外渗率分别下降了19.98%和51.10%,减轻了病菌对植株的损害;番茄的株高、茎粗、地上部分生物量和叶片叶绿素含量也分别显著增加了63.92%、38.04%、87.08%和35.02%,‘M1’发酵液促生效果明显。上述结果表明,烟管菌‘M1’及其发酵液对灰葡萄孢生长有抑制作用,同时其发酵液不仅对番茄灰霉病有较好的防效,还对番茄植株具一定的促生作用。
为探究5-氨基乙酰丙酸(ALA)对番茄果实风味品质的影响,以番茄(Solanum lycopersicum)‘原味1号’品种为试材,向绿熟期果实表面涂抹浓度分别为0(对照)、100、200 mg·L-1的ALA溶液,研究其对果实成熟过程中糖、酸组分及挥发性物质成分和含量的影响。结果表明:200 mg·L-1外源ALA能够促进番茄果实成熟,使果实成熟期提前4 d,并显著增加了果实中果糖、葡萄糖和可溶性总糖含量,降低酒石酸、柠檬酸、草酸、奎宁酸、莽草酸和总有机酸含量,从而显著提高果实糖酸比。在番茄果实中共检测出96种挥发性物质,包括35种醇类、25种醛类、12种烃类、9种酮类、6种酯类、5种酚类和4种其他类物质;0(对照)、100、200 mg·L -1 ALA处理中挥发性物质总含量分别为:1 065.72、1 478.60和2 374.50 µg·kg -1。其中,200 mg·L -1 ALA处理可提高果实中醇类、醛类、烃类、酮类、酯类、酚类和其他类挥发性物质的总含量,100 mg·L -1 ALA处理可提高果实中醇类、酮类、烃类和其他类挥发性物质的种类。共检测出10种番茄果实特征挥发性物质,其中200 mg·L -1 ALA处理中特征挥发性物质含量最高,为1 074.78 µg·kg -1。综上,在番茄果实成熟过程中施用适宜浓度的外源ALA(200 mg·L -1)不仅能够增强果实的风味品质,还能提前番茄的成熟期。
以辣椒基因组数据为基础,利用生物信息学方法,对辣椒B-box家族基因进行了染色体定位、基因结构、系统进化及组织表达模式等分析,并通过qRT-PCR方法对该家族基因在激素及非生物胁迫下的转录水平进行了检测。辣椒全基因组中共鉴定出26个BBX家族成员,分布于辣椒12条染色体上。系统进化分析分析发现,辣椒BBX蛋白成员可进一步分为5类:groupⅠ~Ⅴ。其中,groupⅠ包含两个B-box结构域;group Ⅱ和Ⅲ中的蛋白除CaBBX25外,都包含B-box1、B-box2和CCT结构域;group Ⅳ仅包含1个B-box结构域;groupⅤ含有1个B-box和1个CCT结构域。同一进化分类中的成员通常具有相同或者相似的外显子数,其蛋白中保守基序的构成也具有较高的相似性。组织特异性表达分析发现,除D类基因外,其他17个基因在不同器官或者果实的不同发育时期都有着较高的表达水平。qRT-PCR分析发现,10个CaBBX基因受到激素和非生物胁迫不同程度的诱导表达。
观察记录了温室栽培条件下长瓣兜兰(Paphiopedilum dianthum)的花部特征和开花进程,同时通过花粉活力与柱头可授性测定、杂交指数估算及人工控制授粉试验等对其繁育特性进行了研究。结果表明:长瓣兜兰6—9月开花,单花花期45 ~ 55 d,2 ~ 5朵花,单株花期75 ~ 90 d。在花朵开放过程中,花药凝聚形成的花粉团始终位于蕊柱两侧且有一定距离,相对位置不变。盛花期(开花6 ~ 34 d)花粉活力和柱头可授性最强。长瓣兜兰杂交指数(OCI)为4。无论去雄与否,套袋后的花均不结实。人工自花授粉、人工同株异花授粉和人工异株授粉的结实率分别为83.30%、90.00%和96.70%,显著高于自然传粉。说明长瓣兜兰不存在无融合生殖现象,具有高度被动自交和异交的能力,繁育系统是需要传粉者自交和异交混合交配的系统。
搜索枇杷全基因组范围内的SSR位点,分析其分布特点,同时使用10个枇杷品种的重测序数据对这些位点的基因型进行分析。结果显示共获得103 509个SSR位点,二核苷酸重复类型有73 604个,占71.1%,以AT/TA为主。三核苷酸重复类型占15.0%,以AAG/CTT为主。对10个枇杷样本进行重测序,分别获得32 ~ 206 Mb的reads,测序深度为12.9× ~ 81.3×。本研究中新开发2个脚本程序(Flank和SSRtype),对重测序数据Reads中包含的SSR位点长度进行了分析,确定基因型。‘早钟6号’的测序深度达到12.9×,能够覆盖80%的SSR位点,说明12×以上的测序深度能够满足SSR位点的分析。枇杷中大量SSR位点为多拷贝(占78.4%),为单个品种单个位点产生3条以上的条带,而在所有品种中呈现两拷贝的SSR位点有12 962个(占12.5%),这些位点产生的多态性条带分别为2 ~ 10条不等,多态性信息含量的中位数为0.269,大于0.5的位点有526个。从中挑选20对引物进行荧光PCR,结果显示这些引物的多态性与重测序分析结果一致。
柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)通过媒介昆虫传播必需要有病毒小外壳蛋白(minor coat protein,CPm)的参与。为解析褐色橘蚜传播率不同的CTV分离株CPm的分子特征和表达特性,通过克隆、测序获得其CPm基因序列,将对应的氨基酸序列运用DNAStar软件进行相似性和序列比对分析,并应用Western blot技术分析了3个传播率不同的中国CTV分离株CPm的表达特性。结果表明,低传播率的分离株CTLJ与其他分离株CPm氨基酸序列差异较大,同源性仅为93.3% ~ 94.2%,氨基酸序列中有14个位点发生变异,其中9个位点是该分离株特有的。尤其有些位点的氨基酸极性和电荷发生了变化,引起了蛋白质二级结构的改变。然而,传播率不同的CTV分离株CPm的表达水平却无显著差异。这些结果揭示了CTV被褐色橘蚜传播的效率与其CPm的表达特性无关,可能与其氨基端序列变异有关。
近些年来,在蔬菜中报道了多种类型的细胞质雄性不育系及其恢复系,并定位和克隆了多个恢复基因,开发了与恢复基因紧密连锁的标记应用于蔬菜育种。从蔬菜作物细胞质雄性不育(CMS)育性恢复系、恢复基因的定位和克隆、恢复基因连锁标记的开发、恢复系在育种中的应用等方面对近些年的研究进展进行了概述,并探讨了存在的问题及未来发展方向。
‘中农晚珍珠’油桃是从‘秋红珠’实生后代中选育出的晚熟新品种。树姿半开张,花朵蔷薇形、粉色。果实圆形,平均单果质量131.2 g,外观艳丽,果皮底色及果肉均为淡绿色;品质佳,风味甜,可溶性固形物含量16.0%,可滴定酸含量0.34%,维生素C含量52.1 μg · g-1。耐贮运。在山东省日照市莒县露地栽培成熟期为9月中下旬,第1生长周期产量为10.5 t · hm -2,第2生长周期产量为22.5 t · hm -2,盛果期产量控制在37.5 t · hm -2。
‘墨宝’为小果型冬瓜一代杂种。生长势强,连续坐果性好。瓜短圆筒形,整齐匀称,平均单瓜质量1.8 kg,瓜长约25.0 cm、横径约13.0 cm。果皮墨绿色,无蜡粉,无棱沟。肉质致密,耐贮运。产量48 906 kg · hm-2,抗枯萎病,中抗疫病,适宜华南地区春秋两季栽培。
观赏荷花‘凌云’是从‘友谊牡丹莲’的实生后代中选育出的新品种。植株高大挺拔,立叶高130 ~ 195 cm,叶长径37 ~ 62 cm,短径36 ~ 56 cm。花为黄绿色。花被外被片19 ~ 22,内被片53 ~ 56。花冠直径23 ~ 26 cm。着花密度5 ~ 9朵 · m-2。