园艺学报 ›› 2019, Vol. 46 ›› Issue (11): 2082-2098.doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0046
王 萍,卢世雄,梁国平,马宗桓,李文芳,毛 娟,陈佰鸿*
WANG Ping,LU Shixiong,LIANG Guoping,MA Zonghuan,LI Wenfang,MAO Juan,and CHEN Baihong*
摘要: 利用生物信息学方法在苹果全基因组中鉴定了Trihelix转录因子基因,对基因结构、染色体的定位,以及其对应蛋白的理化性质、保守基序和进化关系等进行了分析;同时基于基因芯片表达数据和qRT-PCR分析,明确了苹果Trihelix在不同组织和逆境胁迫下的差异表达情况。通过分析,共鉴定得到了39个苹果Trihelix转录因子,其蛋白质的大小介于227 ~ 917 aa,分子量介于25.751 ~ 101.294 kD,等电点介于4.78 ~ 9.80。根据进化关系将其分为5个亚族,分别为GT-1、GT-2、GTγ、SIP1和SH4,亚族内部分成员的基因结构相似。基于MEME程序分析苹果Trihelix 转录因子家族的保守基序与聚类分析结果具有较高的一致性。启动子上游1 kb区域顺式作用元件分析表明MdTrihelix1、MdTrihelix19在CGTCA-motif上,MdTrihelix6、MdTrihelix13在ABRE上,MdTrihelix2、MdTrihelix7、MdTrihelix14和MdTrihelix16在GT1-motif上的响应均较高。基因芯片表达发现,Trihelix38、Trihelix14、Trihelix9和Trihelix11在花、果实、叶、茎、根、种子和幼苗中几乎不表达,其余35个基因在多种组织中均存在一定水平的表达,对花和果实表达上调的基因中除Trihelix36属于GT-1亚家族外,其余都属于GT-2亚家族和SIP1亚家族成员。通过qRT-PCR分析,检测到33个MdTrihelix在响应逆境胁迫应答方面表现出多样性。
中图分类号: