园艺学报 ›› 2019, Vol. 46 ›› Issue (5): 939-954.doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0671
李晓颖,徐红霞,陈俊伟*
LI Xiaoying,XU Hongxia,and CHEN Junwei*
摘要: 以枇杷(Eriobotrya japonica)转录组数据为材料,利用生物信息学手段对枇杷WRKY 转录因子进行鉴定与特征分析。分离鉴定出33条具典型WRKY 结构域的序列,CDS长度分布在492 ~ 2 040 bp,命名为EjWRKY01 ~ EjWRKY33。分组鉴定和进化树分析结果显示,枇杷WRKY 转录因子可分为3 大类,其中Ⅰ类数量为6个,Ⅱ类和Ⅲ类的数量分别为22和5个,其中Ⅱ类又进一步分为a ~ e等5个亚类。WRKY 结构域分析显示,WRKY 结构域高度保守,绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构。枇杷WRKY转录因子基因组DNA 全长895 ~ 3 873 bp,编码的蛋白在163 ~ 679 个氨基酸范围内,具有1 ~ 5个内含子。WRKY启动子顺式作用元件预测结果表明,大部分WRKY启动子序列具有典型的 TATA 和 CAAT 元件。将获得的所有WRKY基因与已报道的拟南芥WRKY进行进化比对分析发现,所有EjWRKY转录因子并没有位于独立的分支上,表明枇杷的基因序列虽与拟南芥物种有差别,但枇杷WRKY 蛋白在调控植物生物和非生物逆境反应、信号传导、生长发育等方面的功能相似。此外,荧光定量PCR结果显示,大部分EjWRKY均在枇杷的根、茎、叶、花和果实中表达,但相对表达水平不同,说明WRKY家族基因在枇杷的生长发育中可能具有不同的功能。
中图分类号: