辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析

doi:10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0033

园艺学报 ›› 2018, Vol. 45 ›› Issue (8): 1535-1550.doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0033

辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析

魏瑞敏1,2，郑井元1，刘峰1，马艳青1，李雪峰1，杨博智1，邹学校1，谢玲玲1,*，戴雄泽1,*

1湖南省蔬菜研究所，长沙 410125；2湖南大学研究生院隆平分院，长沙 410125

出版日期:2018-08-25 发布日期:2018-08-25
基金资助:
国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-24-A-14）

Genome Wide Identification and Expression Analysis of the bZIP Gene Family in Pepper

WEI Ruimin，ZHENG Jingyuan，LIU Feng，MA Yanqing，LI Xuefeng，YANG Bozhi，ZOU Xuexiao，XIE Lingling*，and DAI Xiongze*

1Institute of Vegetable，Hunan Academy of Agricultural Sciences，Changsha 410125，China；2College of Longping，Graduate School of Hunan University，Changsha 410125，China

Online:2018-08-25 Published:2018-08-25

摘要/Abstract

摘要： 利用生物信息学的方法对辣椒bZIP家族基因进行全面鉴定与进化分析，并在此基础上对基因染色体定位、蛋白质保守基序和基因结构等进行分析，并通过qRT-PCR方法检测基因的组织表达模式和在ABA胁迫下的应答等。结果表明，从辣椒基因组中共鉴定出54个bZIP家族基因，这些基因分散分布在辣椒的11条染色体上；系统进化分析表明辣椒bZIP基因家族可以分为10组，每组所含有的基因数不等；该家族成员每个基因含有0 ~ 11个内含子；bZIP家族基因具有不同的表达模式；外源激素ABA处理可以明显抑制或者激活该家族基因成员的表达。

关键词: 辣椒, bZIP基因家族, 基因表达, 进化分析

Abstract: In this study，we systematically identified genes from the genome of pepper and elucidated their phylogenetic relationships by bioinformatics. Based on the pepper whole genome sequence，CabZIP gene family chromosome location，conserved motif，gene structure，tissue-specific transcription patterns and response to ABA stress were analyzed. The results showed that a total of 54 CabZIP genes were identified and they were distributed on 11 chromosomes. The pepper bZIP gene family were divided into 10 groups and each of group included a range of genes. This gene family contained 0–11 introns. The CabZIP gene family exhibited distinct expression pattern in different tissues. The CabZIP gene could be repressed or activated by ABA treatment. Those results will provide a foundation for further functional research on CabZIP genes in pepper.

Key words: pepper, bZIP gene family, gene expression, phylogeny analysis

中图分类号:

S 641.3

魏瑞敏1,2，郑井元1，刘峰1，马艳青1，李雪峰1，杨博智1，邹学校1，谢玲玲1,*，戴雄泽1,*. 辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(8): 1535-1550.

WEI Ruimin，ZHENG Jingyuan，LIU Feng，MA Yanqing，LI Xuefeng，YANG Bozhi，ZOU Xuexiao，XIE Lingling*，and DAI Xiongze*. Genome Wide Identification and Expression Analysis of the bZIP Gene Family in Pepper[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(8): 1535-1550.

[1]	王晓晨, 聂子页, 刘先菊, 段伟, 范培格, 梁振昌, . 脱落酸对‘京香玉’葡萄果实单萜物质合成的影响[J]. 园艺学报, 2023, 50(2): 237-249.
[2]	翟含含, 翟宇杰, 田义, 张叶, 杨丽, 温陟良, 陈海江. 桃SAUR家族基因分析及PpSAUR5功能鉴定[J]. 园艺学报, 2023, 50(1): 1-14.
[3]	罗海林, 袁雷, 翁华, 闫佳会, 郭青云, 王文清, 马新明. 蚕豆萎蔫病毒2号青海辣椒分离物的鉴定与全基因组序列克隆[J]. 园艺学报, 2023, 50(1): 161-169.
[4]	曹亚从, 张正海, 于海龙, 冯锡刚, 张宝玺, 王立浩. 螺丝椒新品种‘中椒409号’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S2): 111-112.
[5]	曹亚从, 张正海, 于海龙, 冯锡刚, 张宝玺, 王立浩. 螺丝椒抗病新品种‘中椒209号’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S2): 113-114.
[6]	王永平, 胡明文, 朱文超, 廖芳芳, 白立伟, 高刚. 辣椒新品种‘红辣3号’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S2): 115-116.
[7]	刘术均, 惠成章, 赵丽丽, 孙永生, 刘爱群. 中早熟辣椒新品种‘美罗卡’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S2): 117-118.
[8]	王飞, 李宁, 尹延旭, 高升华, 徐凯, 姚明华. 辣椒新品种‘鄂椒红元帅’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S2): 119-120.
[9]	李宁, 尹延旭, 高升华, 徐凯, 王飞, 姚明华. 辣椒新品种‘锦绣红117’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S2): 121-122.
[10]	方荣, 陈学军, 周坤华, 袁欣捷, 雷刚, 黄月琴. 辣椒新品种‘赣椒18号’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S1): 75-76.
[11]	董桑婕, 葛诗蓓, 李岚, 贺丽群, 范飞军, 齐振宇, 喻景权, 周艳虹. 不同光质补光对辣椒幼苗生长、丛枝菌根共生和磷吸收的影响[J]. 园艺学报, 2022, 49(8): 1699-1712.
[12]	李颖, 王恒明, 徐小万, 徐晓美, 黄智文. 辣椒新品种‘粤椒8号’[J]. 园艺学报, 2022, 49(8): 1837-1838.
[13]	张秋悦, 刘昌来, 于晓晶, 杨甲定, 封超年. 盐胁迫条件下杜梨叶片差异表达基因qRT-PCR内参基因筛选[J]. 园艺学报, 2022, 49(7): 1557-1570.
[14]	李平平, 张祥, 刘雨婷, 谢志和, 张芮豪, 赵凯, 吕俊恒, 王梓然, 文锦芬, 邹学校, 邓明华. 辣椒63份种质果皮颜色与呈色物质的关系[J]. 园艺学报, 2022, 49(7): 1589-1601.
[15]	邹学校, 朱凡. 辣椒的起源、进化与栽培历史[J]. 园艺学报, 2022, 49(6): 1371-1381.

辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析

Genome Wide Identification and Expression Analysis of the bZIP Gene Family in Pepper

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

访问总数:　当日访问总数:　当前在线人数:

辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析

Genome Wide Identification and Expression Analysis of the bZIP Gene Family in Pepper

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

访问总数: 当日访问总数: 当前在线人数:

访问总数:　当日访问总数:　当前在线人数: