梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析

doi:10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0078

园艺学报 ›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (8): 1577-1584.doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0078

梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析

蒋爽^1,2，骆军²，孙永旺¹，蔡丹英³，滕元文^1,*

（¹浙江大学园艺系，农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室，杭州 310058；²上海市农业科学院林木果树研究所，上海 201403；³浙江省农业科学院园艺研究所，杭州 310021）

出版日期:2016-08-25 发布日期:2016-08-25
基金资助:
浙江省重点科技创新团队项目（2013TD05）

Prediction of ORF for GAG of Ty1-copia Retrotransposons in Pear and Its Expression Analysis in Response to Light

JIANG Shuang^1,2，LUO Jun²，SUN Yong-wang¹，CAI Dan-ying³，and TENG Yuan-wen^1,*

（¹The State Agricultural Ministry Laboratory of Horticultural Plant Growth，Development & Quality Improvement，Department of Horticulture，Zhejiang University，Hangzhou 310058，China；²Forestry and Fruit Tree Research Institute，Shanghai Academy of Agriculture Sciences，Shanghai 201403，China；³Institute of Horticulture，Zhejiang Academy of Agricultural Sciences，Hangzhou 310021，China）

Online:2016-08-25 Published:2016-08-25

摘要/Abstract

摘要：

基于生物信息学方法，对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测，共获得315条GAG序列。通过系统聚类，梨基因组中GAG序列可分为7个支系，第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示，不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员，其中有6个（Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30）为高丰度表达成员。遮光条件下，‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达，说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后，‘美人酥’果皮中有2个成员（Ppgag5和Ppgag23）发生明显上调表达，说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。

关键词: 梨, Ty1-copia, GAG, 表达分析

Abstract:

Different types of sequences of ORF for GAG in the whole genome of‘Dangshan Suli’（Pyrus pyrifolia White Pear Group）were predicted by bioinformatics methods. A total of 315 GAGsequences were obtained from Ty1-copia retrotransposons. The cluster analysis indicated that there were seven groups，among which，groups one and three had many conserved members. Sequence alignment of all GAG sequences in pear genome showed a high heterogeneity. A total of 34 members were expressed in bagging and bag-removed‘Meirensu’pear fruit，of which，six members（Ppgag16，Ppgag19，Ppgag23，Ppgag27，Ppgag29，and Ppgag30）were highly expressed. In bagging-treated fruit，some members of gag were expressed，suggesting that lightwas not a sole factor to activatethe expression of copia retrotransposons. In bag-removed fruit，the expression of two members（Ppgag5 and Ppgag23）were up-regulated，indicating that some members of the retrotransposons were regulated by light.

Key words: Pyrus, Ty1-copia, GAG, expression analysis

中图分类号:

S 661.2

蒋爽，骆军，孙永旺，蔡丹英，滕元文. 梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析[J]. 园艺学报, 2016, 43(8): 1577-1584.

JIANG Shuang，LUO Jun，SUN Yong-wang，CAI Dan-ying，and TENG Yuan-wen. Prediction of ORF for GAG of Ty1-copia Retrotransposons in Pear and Its Expression Analysis in Response to Light[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2016, 43(8): 1577-1584.

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