辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析

园艺学报 ›› 2014, Vol. 41 ›› Issue (2): 343-348.

辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析

刘峰1,3，谢玲玲2，弭宝彬1，欧阳娴1，茆振川3，邹学校1,*，谢丙炎3,*

（1湖南农业科学院蔬菜研究所，长沙 410125；2湖南农业科学院西瓜甜瓜研究所，长沙 410125；3中国农业科学院蔬菜花卉研究所，北京 100081）

收稿日期:2013-08-15 出版日期:2014-02-25 发布日期:2014-02-25

SNP Mining in Pepper Transcriptome and the Polymorphism Analysis

LIU Feng1,3，XIE Ling-ling2，MI Bao-bin1，OUYANG Xian1，MAO Zhen-chuan3，ZOU Xue-xiao1,*，and XIE Bing-yan3,*

（1Institute of Vegetables，Hunan Academy of Agricultural Sciences，Changsha 410125，China；2Institute of Wa-termelon and muskmelon Hunan Academy of Agricultural Sciences，Changsha 410125，China；3Institute of Vegetables and Flowers， Chinese Academy of Agricultural Sciences，Beijing 100081，China）

Received:2013-08-15 Online:2014-02-25 Published:2014-02-25

摘要/Abstract

摘要： 利用SNP分析软件从辣椒（Capsicum annuum L.）251 068条Unigenes中筛选出18 159个SNP，其中有1 781个SNP位点被匹配在1 291个注释基因上，基因功能分类和代谢途径分析表明，其中有853个基因参与初生代谢（28.7%）、细胞代谢（17.3%）、生物合成过程（15.7%），另有125个（9.7%）基因序列参与新陈代谢途径，53条（4.1%）序列参与次生代谢产物合成途径，31条（2.4%）序列参与植物激素合成途径。 EST-SNP序列中4 172条（22.9%）满足设计CAPS引物条件，为了验证EST-SNP正确性，并选取了15对CAPS引物对5份辣椒材料进行扩增，结果发现有8对（53.3%）引物表现出多态性。表明筛选出这些EST-SNP标记可作为辣椒基因分型、图谱构建等的候选分子标记。

关键词: 辣椒, 转录组, EST-SNP, CAPS

Abstract: In this study，we investigated 251 068 unigenes from two transcriptome in pepper（Capsicum annuum L.）using SNP finding soft. In total，18 159 SNP were identified from these SNP-containing unique ESTs. Among，1 781 SNP located at 1 291 annotation genes，analysis of GO（Gene Ontology）showed that 853 ESTs were classified，among primary metabolic process（28.7%），cellular metabolic process（17.3%），biosynthetic process（15.7%）being main. In KEGG map，125 ESTs involved in taken part in metabolic pathways，and 53 participated in biosynthesis of second metabolites，and 31 involved in biosynthesis of plant hormones. Moreover，a total of 4 172（22.9%）sequences were successfully designed primers of CAPS marker. Eight out of 15 primer pairs selected at random showed polymorphism among 5 different pepper varieties. The results indicated that those CAPS markers from EST-SNP will be more usable in map structure，analysis of genetic polymorphism in pepper.

Key words: pepper, Capsicum annuum L., transcriptome, EST-SNP, CAPS

中图分类号:

S 641.3

刘峰, 谢玲玲, 弭宝彬, 欧阳娴, 茆振川, 邹学校, 谢丙炎. 辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析[J]. 园艺学报, 2014, 41(2): 343-348.

LIU Feng, XIE Ling-Ling, MI Bao-Bin, 欧Yang-Xian , MAO Zhen-Chuan, ZOU Xue-Xiao, XIE Bing-Yan. SNP Mining in Pepper Transcriptome and the Polymorphism Analysis[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2014, 41(2): 343-348.

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