32种果树microRNA的生物信息学预测与分析

园艺学报 ›› 2010, Vol. 37 ›› Issue (6): 869-879.

32种果树microRNA的生物信息学预测与分析

宋长年1，贾启东2，王晨1，李飞2，章镇1，房经贵1,*

（1南京农业大学园艺学院，南京210095；2南京农业大学植物保护学院，南京210095）

收稿日期:2009-12-30 修回日期:2010-04-29 出版日期:2010-06-25 发布日期:2010-06-25
通讯作者: 房经贵

Computational Identification and Analysis of the Putative microRNAs in 32 Fruit Crops

SONG Chang-nian1，JIA Qi-dong2，WANG Chen1，LI Fei2，ZHANG Zhen1，and FANG Jing-gui1, *

（1College of Horticulture，Nanjing Agricultural University，Nanjing 210095，China；2College of Plant Protection，Nanjing Agricultural University，Nanjing 210095，China）

Received:2009-12-30 Revised:2010-04-29 Online:2010-06-25 Published:2010-06-25
Contact: FANG Jing-gui

摘要/Abstract

摘要： 通过生物信息学预测miRNA的方法，采用基于生物信息学的基因搜索和同源搜索的方法成功地从NCBI数据库中登录的32种果树的EST中寻找miRNAs。从32种果树的774 400条ESTs中找到了110条miRNA前体序列，编码116条成熟体序列。利用miRbase数据库进一步分析，结果表明116个miRNAs属于45个miRNA家族，其中有7个保守的miRNA家族中的miRNA个数在5以上，20 个 miRNA家族的miRNA个数在 2 ~ 4，有18个miRNA家族的miRNA数量为1个。在柑橘、苹果、香蕉、猕猴桃和桃等果树中分别发现28、16、13、11和10个miRNAs。果树中miRNA的序列比较发现，相同家族的miRNA的序列存在一定水平的差异，其中碱基的变化包括相似频率的颠换与转换。

关键词: microRNA, 生物信息学预测, 果树, EST

Abstract: Here we present a study of bioinformatics identification of microRNA precursors in fruit crops by blasting ESTs of 32 fruit crops in NCBI using bioinformatics-based gene search and homology search method to look for miRNAs in fruit crops. A total of 110 miRNA precursors，encoding 116 unique miRNA sequences，were identified in these fruit crops. Further analysis through the miRbase database showed the 116 miRNAs belonged to 45 miRNA families，of which 7 were predicted with miRNA number more than 5，20 between 2–4，and the other 18 with only 1 miRNA. miRNAs were identified in Citrus，apple，bananas，kiwifruit and peach，and the numbers of miRNAs found in them were 28，16，13，11，and 10，respectively. The results of the alignment of 6 miRNA families showed the nucleotide sequences of the miRNAs in same family were variable，and the variation between the nucleotides of same locus could be of transversion and transition.

Key words: microRNA, bioinformatics prediction, fruit crop, EST

中图分类号:

S 66

宋长年;贾启东;王晨;李飞;章镇;房经贵;. 32种果树microRNA的生物信息学预测与分析[J]. 园艺学报, 2010, 37(6): 869-879.

SONG Chang-nian;JIA Qi-dong;WANG Chen;LI Fei;ZHANG Zhen;and FANG Jing-gui;. Computational Identification and Analysis of the Putative microRNAs in 32 Fruit Crops[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2010, 37(6): 869-879.

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