白菜型油菜和菜薹的InDel 标记开发及其RILs群体遗传连锁图谱的构建

园艺学报 ›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (8): 1491-.

白菜型油菜和菜薹的InDel 标记开发及其RILs群体遗传连锁图谱的构建

孟霖, 刘博, 林良斌, 程峰, 王晓武, 武剑

（1 云南农业大学农学与生物技术学院，昆明 650201；2 中国农业科学院蔬菜花卉研究所，北京 100081）

出版日期:2012-08-25 发布日期:2012-08-25

Development of InDel Markers for Brassica campestris and Genetic Linkage Map Construction of the RILs Population

MENG Lin, LIU Bo, LIN Liang-Bin, CHENG Feng, WANG Xiao-Wu, WU Jian

（1College of Agronomy and Biotechnology，Yunnan Agricultural University，Kunming 650201，China；2Institute of Vegetables and Flowers，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Beijing 100081，China）

Online:2012-08-25 Published:2012-08-25

摘要/Abstract

摘要： 通过白菜型油菜‘R-O-18’和菜薹‘L58’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列（‘Chiifu-401-42’的基因组序列）的比对，在全基因组范围内检测到了18 479 个短插入缺失变异位点（≤5 bp）。从中挑选了500 个插入/缺失片段为4 ~ 5 bp 的InDel 变异位点，将其设计成InDel 分子标记并进行试验验证，结果有452 个标记通过PCR 扩增出单一条带，但仅有106 个在‘R-O-18’和‘L58’间表现出多态性，346 个没有多态性，48 个在PCR 中没有扩增。亲本间具有多态性的106 个InDel 标记可用来检测以‘R-O-18’和‘L58’为亲本构建的RILs 基因型，并构建了一张包含99 个标记的遗传连锁图谱。

关键词: 菜薹, 油菜, 白菜, 插入/缺失, 全基因组重测序, Illumina 测序, 遗传连锁图

Abstract: Genome-wide Brassica campestris short Insertion/Deletion length polymorphisms（InDels）（≤ 5 bp）were detected by aligning whole genome re-sequencing data from two B. campestris accessions，‘R-O-18’and‘L58’，to the reference genome sequence of‘Chiifu-401-42’. In total， we identified 18 479 InDel polymorphsms between‘R-O-18’and‘L58’. A total of 500 InDel polymorphisms（4–5 bp in length）were converted to InDel markers and experimentally validated. Of the selected 500 InDel polymorphisms ，452 yielded a single PCR fragment ， but only 106 showed polymorphism between‘R-O-18’and‘L58’，48 did not amplify a product，346 showed no polymorphism. These 106 InDel markers were used to screen the genotype of RILs developed from the crossing of ‘R-O-18’and‘L58’. A genetic linkage map contained 99 InDel markers was constructed.

Key words: Brassica campestris, insertion/deletions（InDels）, whole genome re-sequencing, Illumina sequencing, genetic linkage map

中图分类号:

S 634

孟霖, 刘博, 林良斌, 程峰, 王晓武, 武剑. 白菜型油菜和菜薹的InDel 标记开发及其RILs群体遗传连锁图谱的构建[J]. 园艺学报, 2012, 39(8): 1491-.

MENG Lin, LIU Bo, LIN Liang-Bin, CHENG Feng, WANG Xiao-Wu, WU Jian. Development of InDel Markers for Brassica campestris and Genetic Linkage Map Construction of the RILs Population[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2012, 39(8): 1491-.

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